До проголошення України незалежною державою до складу Міністерства рибного господарства СРСР входило чотири самостійні виробничі підрозділи – Всесоюзне рибопромислове об’єднання «Азчорриба», Головне управління рибного господарства внутрішніх водойм України «Укрголоврибгосп», об’єднання «Укррибпромзбут», Головне управління «Укрголоврибвод» та окремі підприємства, які входили до «Союзрибголгоспоб’єднання», Всесоюзних виробничих об’єднань «Ремрибфлот», «Союзсіткоснасть» та Всесоюзного науково-виробничого об’єднання по рибництву.
Постановою Кабінету Міністрів України від 01.08.1992 був створений Державний комітет України по рибному господарству і рибній промисловості, якому не підпорядковувались підприємства рибної галузі, які входили до складу Міністерства сільського господарства і продовольства України.
Указом Президента України від 30.11.1994 з метою формування та здійснення єдиної державної політики щодо розвитку рибного господарства, удосконалення управління галуззю було створено Міністерство рибного господарства України.
Указом Президента України від 25.07.1997 на базі Міністерства рибного господарства України утворено Державний комітет рибного господарства України, який став правонаступником прав і обов'язків ліквідованого Міністерства рибного господарства України.
15 березня 2000 року постановою Кабінету Міністрів утворюється на базі Державного комітету рибного господарства, що ліквідується, Державний департамент рибного господарства як урядовий орган державного управління у складі Міністерства аграрної політики України.
Постановою Кабінету Міністрів України від 25.05.2006 № 752 «Про ліквідацію державного Департаменту рибного господарства України» Укрдержрибгосп було ліквідовано та створено у складі Мінагрополітики Департамент рибного господарства.
2 листопада 2006 року утворюється Державний комітет рибного господарства України як центральний орган виконавчої влади, діяльність якого спрямовується і координується Кабінетом Міністрів України через Міністра аграрної політики.
Постановою Кабінету Міністрів України від 24.01.2007 № 42 «Про затвердження Положення про Державний комітет рибного господарства України» створено Державний комітет рибного господарства України.
Указом Президента України від 09.12.2010 «Про оптимізацію системи центральних органів виконавчої влади» створено Державне агентство рибного господарства України як центральний орган виконавчої влади.
Постановою Кабінету Міністрів України від 24.05.2021 № 539 «Деякі питання розподілу окремих повноважень центральних органів виконавчої влади у сфері меліорації земель» Державне агентство рибного господарства України перейменовано на Державне агентство меліорації та рибного господарства України.
6 жовтня 2023 року постановою Кабінету Міністрів України № 1057 «Про внесення змін до деяких актів Кабінету Міністрів України щодо забезпечення реалізації окремих функцій Міністерства аграрної політики та продовольства і Державного агентства меліорації та рибного господарства» Державне агентство меліорації та рибного господарства України перейменовано на Державне агентство розвитку меліорації, рибного господарства та продовольчих програм.
19 січня 2024 року постановою Кабінету Міністрів України № 57 «Про внесення до деяких актів Кабінету Міністрів України змін щодо перейменування Державного агентства розвитку меліорації, рибного господарства та продовольчих програм» Державне агентство меліорації та рибного господарства України перейменовано на Державне агентство України з розвитку меліорації, рибного господарства та продовольчих програм.